added example of manual tuned environment
This commit is contained in:
		
							
								
								
									
										561
									
								
								environment2.json
									
									
									
									
									
										Normal file
									
								
							
							
						
						
									
										561
									
								
								environment2.json
									
									
									
									
									
										Normal file
									
								
							| @@ -0,0 +1,561 @@ | ||||
| { | ||||
|     "maxCompound": 30, | ||||
|     "metabolismIteration": 100, | ||||
|     "possibleEnzymes": [ | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "Substrate PPM -> GenericCompound 1", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": [], | ||||
|                         "tag": "Substrate" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 1, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "Substrate PPM -> GenericCompound 8", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": [], | ||||
|                         "tag": "Substrate" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 8, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "Substrate PPM -> GenericCompound 17", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": [], | ||||
|                         "tag": "Substrate" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 17, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 1 -> GenericCompound 2", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 1, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 2, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 1 -> GenericCompound 3", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 1, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 3, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 1 -> GenericCompound 6", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 1, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 6, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 6 -> GenericCompound 7", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 6, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 7, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 8 -> GenericCompound 9", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 8, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 9, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 8 -> GenericCompound 10", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 8, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 10, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 8 -> GenericCompound 12", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 8, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 12, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 8 -> GenericCompound 15", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 8, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 15, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 10 -> GenericCompound 11", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 10, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 11, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 15 -> GenericCompound 16", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 15, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 16, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 17 -> GenericCompound 18", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 17, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 18, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 17 -> GenericCompound 19", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 17, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 19, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 17 -> GenericCompound 25", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 17, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 25, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 19 -> GenericCompound 20", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 19, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 20, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 20 -> GenericCompound 21", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 20, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 21, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 25 -> GenericCompound 26", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 25, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 26, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         }, | ||||
|         { | ||||
|             "dominance": null, | ||||
|             "enzymeName": "GenericCompound 25 -> GenericCompound 27", | ||||
|             "substrateRequirements": [], | ||||
|             "synthesis": [ | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 25, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     -1 | ||||
|                 ], | ||||
|                 [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 27, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     1 | ||||
|                 ] | ||||
|             ] | ||||
|         } | ||||
|     ], | ||||
|     "predators": [ | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "fitnessImpact": 0.4901681711436634, | ||||
|                 "irresistance": [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 27, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     } | ||||
|                 ], | ||||
|                 "numAttacks": 1 | ||||
|             }, | ||||
|             0.4031670022489978 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "fitnessImpact": 0.1531084617953737, | ||||
|                 "irresistance": [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 26, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 27, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     } | ||||
|                 ], | ||||
|                 "numAttacks": 1 | ||||
|             }, | ||||
|             0.73479241706388593 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "fitnessImpact": 0.2531084617953737, | ||||
|                 "irresistance": [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 6, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 7, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     } | ||||
|                 ], | ||||
|                 "numAttacks": 1 | ||||
|             }, | ||||
|             0.53479241706388593 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "fitnessImpact": 0.3531084617953737, | ||||
|                 "irresistance": [ | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 12, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     }, | ||||
|                     { | ||||
|                         "contents": 16, | ||||
|                         "tag": "GenericCompound" | ||||
|                     } | ||||
|                 ], | ||||
|                 "numAttacks": 1 | ||||
|             }, | ||||
|             0.63479241706388593 | ||||
|         ] | ||||
|     ], | ||||
|     "settings": { | ||||
|         "automimicry": false, | ||||
|         "numPlants": 50, | ||||
|         "predatorsRandom": false | ||||
|     }, | ||||
|     "soil": [ | ||||
|         [ | ||||
|             [], | ||||
|             10 | ||||
|         ] | ||||
|     ], | ||||
|     "toxicCompounds": [ | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 6, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             0.588046101431176 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 7, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             0.788046101431176 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 12, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             0.5910345760733821 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 15, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             1 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 16, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             1 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 25, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             0.788046101431176 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 26, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             0.788046101431176 | ||||
|         ], | ||||
|         [ | ||||
|             { | ||||
|                 "contents": 27, | ||||
|                 "tag": "GenericCompound" | ||||
|             }, | ||||
|             1 | ||||
|         ] | ||||
|     ] | ||||
| } | ||||
		Reference in New Issue
	
	Block a user